日本公司要繳哪些稅？法人稅、消費稅、地方稅與台灣端影響完整指南

在日本設立公司，稅務規劃是台商最容易踩雷的環節。許多企業主在日本正式營運後才驚覺：除了法人稅，還有消費稅、法人住民稅、法人事業稅，合計實效稅率約 29.74%，比台灣高出近 10 個百分點。更複雜的是，台灣母公司還得同時處理 CFC 申報、股利匯回扣繳，以及台日租稅協定的申請程序。本文依照日本國稅廳（NTA）與地方稅法，完整拆解日本公司每年要繳哪些稅、怎麼算、什麼時候申報，並說明台灣端的連動影響，讓您在設立前就備妥完整的稅務規劃。

日本公司稅務概覽：你要面對幾種稅？

日本的法人稅制採「國稅＋地方稅」雙軌架構，合計涵蓋六個主要稅目。國稅包含法人稅、地方法人稅、消費稅（部分由地方代收）；地方稅則包含法人住民稅（均等割＋所得割）、法人事業稅與特別法人事業稅。

所有稅目加總後，日本法人的實效稅率（effective tax rate）約為 29.74%（以東京都、所得超過 800 萬日圓的中型法人為計算基準）。中小企業（資本額 1 億日圓以下）的所得未超過 800 萬日圓時，適用 15% 輕減稅率，整體稅負可降至約 21% 至 24%。

資本額 1,000 萬日圓以下的新設公司，前 2 個課稅期間原則上免繳消費稅。但 2023 年 10 月起的 Invoice 制度讓免稅地位在 B2B 交易中形成不利，建議設立前先評估主要客戶類型。

如果您還在規劃設立階段，可先參考日本公司設立完整流程，了解株式會社與合同會社的差異，再搭配本篇稅務規劃。

法人稅的計算：從所得到稅額的完整拆解

法人稅是日本企業稅務成本的核心，由國稅廳（NTA）負責稽徵，課稅基礎為各事業年度的「所得金額」（益金減損金）。

稅率分級與實算範例

日本法人稅採雙級稅率。資本額 1 億日圓以下的中小法人：

• 年所得 800 萬日圓以下部分：15% 輕減稅率
• 超過 800 萬日圓部分：23.2% 標準稅率

資本額超過 1 億日圓的大型法人：全部所得一律 23.2%。

試算範例：假設資本額 500 萬日圓的合同會社，年度所得 1,200 萬日圓：

• 800 萬 × 15% ＝ 120 萬日圓
• 400 萬 × 23.2% ＝ 92.8 萬日圓
• 法人稅合計：212.8 萬日圓

損金算入的常見陷阱

以下幾項在台灣常見的費用，在日本有嚴格的損金算入限制：

役員報酬（董事薪資）：須在事業年度開始前 3 個月內以「定期同額」方式決議，且期中原則上不可調整。若中途加薪，超額部分不得列為損金。這是台商最常犯的錯誤，第一年設立就要特別注意。

交際費（業務招待費）：中小企業可選擇「年 800 萬日圓以下全額損金算入」或「接待飲食費的 50% 損金算入」，但不可併用。建議每年初由稅理士（日本稅務師）協助評估擇一適用。

折舊資產：取得價額 30 萬日圓以下的小額資產，中小企業可在取得當年度全額費用化，年度上限 300 萬日圓。電腦、辦公設備採購可充分利用此項優惠。

設立費用的拆解可參考日本公司註冊費用完整試算，協助您在首年度稅務申報前先估算損金項目。

消費稅制度：免稅地位vs. Invoice 制度的取捨

日本消費稅（類似台灣的營業稅）自 2019 年 10 月起，標準稅率為 10%，其中包含國稅 7.8% 與地方消費稅 2.2%。食品、飲料（不含酒類）及每週 2 次以上的定期報紙，適用 8% 輕減稅率。

免稅事業者資格

基準期間（前前事業年度）的課稅銷售額在 1,000 萬日圓以下的事業者，可免除消費稅繳納義務。新設立的法人：

• 資本額未達 1,000 萬日圓：前 2 個課稅期間原則上免稅
• 但若特定期間（前事業年度上半期）的課稅銷售超過 1,000 萬日圓：第 2 期起即需課稅

Invoice 制度（2023 年 10 月起）的商業衝擊

自 2023 年 10 月起，日本全面實施適格請求書保存方式（Invoice 制度）。只有已登錄「適格請求書發行事業者」的法人開立的發票，買方才能用於消費稅進項扣抵。

這對以下情境影響最大：

• 主要客戶為 B2B 日本法人：若您選擇保持免稅地位，對方無法扣抵進項，可能要求降價或換供應商
• 跨境銷售台灣企業：如主要服務台灣客戶，免稅地位不影響 B2B 關係，可繼續維持免稅

建議：設立前先確認主要客戶組成，若 B2B 日本法人交易佔比高，應主動申請 Invoice 登錄，即使初期處於免稅期也需提前登記。

法人住民稅與法人事業稅：地方稅不可忽視的固定成本

均等割：即使虧損也要繳

均等割是不論公司是否盈利都必須繳納的固定年費，依資本額與員工人數分級。以東京都特別區為例：

• 資本額 1,000 萬日圓以下、員工 50 人以下：每年約 7 萬日圓（都道府縣 2 萬＋市町村 5 萬）
• 資本額 1,000 萬日圓以上但未達 1 億日圓：每年約 18 萬日圓

對尚未盈利的新創期法人，均等割是必然發生的固定成本，須列入年度現金流預算。

所得割與法人事業稅

法人住民稅的所得割，以法人稅額為計算基礎：都道府縣 1%＋市町村 6%，合計 7%。法人事業稅直接依所得分段課稅（約 3.5%～7%）。

外形標準課稅：資本額超過 1 億日圓的大型法人，除所得課稅外，還須就「付加價值額」（薪資＋利息＋租金＋利潤）與「資本金等額」額外課徵事業稅。對於規模快速擴張的台商子公司，須在資本額逼近 1 億日圓時提前評估是否拆分或調整結構。

申報時程：每年要做哪些事？

日本法人稅制採「申告納稅」原則，由法人自行計算、申報、繳納，不等稅務機關核定。以下是每年必須完成的申報事項：

青色申告（藍色申報）是必申請的基本配備

向稅務署申請核准「青色申告」後，法人可享有：

• 欠損金（虧損）最長 10 年後向結轉；中小企業還可前向 1 年申請法人稅退還
• 小額資產即時費用化（30 萬日圓未滿）
• 特別折舊、準備金損金算入等優惠

幾乎所有在日本正式營運的法人都應申請青色申告。新設立時，應在第一期事業年度開始後 3 個月內（或決算日前 2 個月，取較早者）向所轄稅務署提出申請。

中小企業稅務優惠：台商最常善用的四大項目

台灣企業赴日通常以中小規模法人（資本額 1 億日圓以下）起步，以下四項優惠最值得充分利用：

1. 法人稅 15% 輕減稅率

所得 800 萬日圓以下部分適用，是中小企業相對大型法人最具競爭力的節稅工具。建議在董事薪資、費用認列等面向做合理規劃，讓所得落在 800 萬日圓區間內，以達最佳稅率組合。

2. 小額資產即時費用化（少額減價償卻）

30 萬日圓以下的折舊資產可在購入年度全額費用化，年度上限 300 萬日圓。對設立初期大量採購辦公設備的台商非常實用，可有效降低首年應稅所得。

3. 交際費年 800 萬日圓全額損金算入

中小企業對業務相關飲食、接待支出，可選擇年 800 萬日圓以下全額費用化，並非像大型法人只能認列 50%。但須留存完整招待記錄，包含日期、對象、目的、金額。

4. 虧損向前退稅（繰戻し還付）

青色申告的中小企業，當年度發生虧損時，可向前 1 年的法人稅申請退稅。例如設立第 2 年虧損，可取回第 1 年已繳法人稅的部分，對初期現金流幫助顯著。

如您正在評估株式會社或合同會社的適用稅務差異，可參考日本公司類型選擇指南，結合稅務角度做最終決策。

台灣端影響：台日租稅協定、CFC、股利匯回

台灣企業設立日本子公司，除了應對日本本地稅務，台灣這端也有三項重要課題。

台日租稅協定的適用

台灣與日本於 2015 年簽署「台日民間租稅取決協議」（正式名稱：「公益財團法人交流協會」與「亞東關係協會」間的協議），適用於股利、利息、權利金等跨境所得的減免稅率：

• 股利匯出：日本子公司匯出股利給台灣母公司，扣繳稅率可由原本的 20.42% 降至 10%（持股 25% 以上的直接持股），或 10%（一般）
• 利息匯出：最高 10%
• 權利金（特許權使用費）：最高 10%

申請適用時，須事先向日本稅務署提交「租稅條約相關届出書」。若忘記申請就直接匯款，仍須繳 20.42% 全額扣繳，事後補申請可退稅但程序繁瑣。

CFC 制度下的台灣課稅風險

台灣自 2023 年起正式施行 CFC（受控外國公司）制度。若台灣母公司直接或間接持有日本子公司達 50% 以上（或對其有實質控制），且子公司所在地（日本）適用稅率低於台灣的 70%（即日本實效稅率 < 14%），則其盈餘須計入台灣母公司當年度所得課稅。

日本實效稅率約 29.74%，遠高於 14% 的門檻，原則上不會觸發 CFC 強制認列。但若子公司在日本僅是紙上架構、無實質營運，仍可能被認定為低稅負「形式」安排而遭台灣國稅局質疑。

如需完整了解台灣 CFC 制度的申報細節與豁免條件，請參考台灣 CFC 申報完整指南。

移轉定價的合規要求

日本子公司與台灣母公司間的關聯交易（商品、服務、授權、融資），須依「常規交易原則」（arm’s length principle）訂定價格。日本國稅廳自 2016 年起強化跨國企業的文件化要求，年度關聯交易金額達一定門檻者，須備置：

• 主文件（Master File）
• 當地文件（Local File）
• 國別報告（Country-by-Country Report，CbCR，適用於合併年收入超過 750 億日圓的集團）

建議在設立階段就委任熟悉台日跨境稅務的稅務顧問，制定關聯交易訂價政策，避免事後被追補稅款。

已設立後發現稅務問題，如何補救？

許多台商在日本公司設立後 1 至 2 年才意識到稅務處理有缺漏。以下是最常見的情境與補救方向：

情況 1：忘記申請青色申告

若第一期事業年度漏報，第二期才申請，第一年的虧損結轉優惠就永久喪失。補救方式：盡早委任稅理士，在第二期開始後 3 個月內申請，至少從第二年起適用。

情況 2：役員報酬中途調整被否認

若已被稅務署否認損金，可在下一事業年度期初重新依規定程序決議薪資。同時保留調整前的決議紀錄，以備後續爭議。

情況 3：Invoice 登錄時間點錯誤

Invoice 制度的登錄申請有截止日期（每期末前 15 日前申請，下期起適用）。若已錯過最佳申請時機，現實際交易已受影響的狀況下，可向主要客戶說明預計申請時間，協商過渡期處理方式。

情況 4：台日租稅協定未事先申請就已匯款

可向日本稅務署提出「更正請求」退稅申請，期限通常為原申報期限後 5 年內。但程序繁瑣，須透過當地稅理士操作。

建議剛設立的台商，優先透過台灣人赴日開公司指南了解從設立到稅務的完整脈絡，提早避免上述問題。

常見問題

日本法人稅的實效稅率真的有 30% 嗎？

日本法人實效稅率約為 29.74%，是以東京都特別區、所得超過 800 萬日圓的一般中型法人試算的參考值。中小企業（資本額 1 億日圓以下）若所得在 800 萬日圓以下，整體稅負可降至約 21%。此外，法人事業稅因可於隔年列為損金，實際稅率略低於各稅率的加總。

新設公司前 2 年真的不需要繳消費稅嗎？

資本額未達 1,000 萬日圓的新設法人，原則上前 2 個課稅期間免繳消費稅。但需注意兩個例外：一是設立時若以個人名義有前期高銷售額；二是特定期間（前事業年度上半期）課稅銷售超過 1,000 萬日圓，第 2 期起即需課稅。此外，Invoice 制度讓 B2B 日本客戶傾向要求交易對象有 Invoice 登錄號，免稅地位在商業層面可能造成不利。

日本子公司股利匯回台灣，需要繳多少稅？

日本原則上對非居住者或外國法人匯出的股利扣繳 20.42%。依台日租稅協定，台灣母公司可申請降至 10%（需提前提交適用申請書）。在台灣端，收到的股利需申報為台灣公司的投資收益，但依台灣現行法規可抵扣在日本已繳的扣繳稅款（外國稅額抵減），以避免雙重課稅。

台灣 CFC 制度會讓日本子公司的盈餘在台灣再被課一次稅嗎？

日本實效稅率約 29.74%，已超過台灣 CFC 制度的觸發門檻（14%），因此正常日本子公司不會觸發 CFC 強制認列。但前提是子公司必須有實質營運（如自有員工、實際業務、日本辦公地點），否則仍可能被認定為規避安排。如對 CFC 認定有疑慮，建議事前諮詢台灣稅務顧問。

日本法人的年度申報截止日是什麼時候？

法人須在事業年度結束日（決算日）後 2 個月內向稅務署提出確定申告並繳納稅款。例如 12 月底決算，截止日為 2 月末；3 月底決算，截止日為 5 月末。如有正當理由可申請延長 1 個月，但須繳延滯稅。前年度法人稅額超過 20 萬日圓者，還需在事業年度開始後 8 個月以內提出中間申告。

資料來源

• 日本國稅廳（NTA）法人税の税率：https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/hojin/5759.htm
• 日本國稅廳消費稅制度概要：https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/shohi/6101.htm
• 日本國稅廳青色申告制度：https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/hojin/5200.htm
• 東京都主稅局法人事業稅・法人住民税：https://www.tax.metro.tokyo.lg.jp/kazei/info/hojin_jigyo.html
• 公益財団法人交流協会台日租稅取決協議：https://www.koryu.or.jp/business/tax/
• 財政部台灣 CFC 制度說明：https://www.mof.gov.tw

本文僅供參考，不構成法律或稅務意見。實際稅務規劃請諮詢在台或在日的合格稅務顧問，並以日本國稅廳與地方稅主管機關最新公告為準。